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L'un des buts premiers de l'ISN au lycée est d'apprendre aux élèves l'algorithmique. L'algorithmique est très importante en informatique, puisqu'elle est à la base des algorithmes, méthodes qui sont très souvent utilisés dans les programmes informatiques. Ceux-ci servent à décrire les solutions d'un problème. Ils sont la description d'une méthode applicable par une machine pour résoudre un problème. Cette description est donnée par une suite d'instructions en pseudo-code traduit dans un langage de programmation, qui ont pour but de traiter les données du problème à résoudre et apporter une solution. Un algorithme est la partie fonctionnelle du programme, c'est lui qui va réaliser les calculs ou les étapes pour aboutir à la solution, mais il ne constitue pas tout le programme. Les élèves apprennent, en cours de mathématiques dès la seconde, à programmer des algorithmes simples, à l'aide de la calculatrice ou d'un logiciel d'algorithmique tel que Algobox. C'est une première approche de l'algorithmique, qui permet aux élèves de bien comprendre ce qu'est un algorithme et à quoi il sert.

Cependant, les algorithmes vus en cours se créent à l'aide de pseudo-code puis un langage présent dans la machine, va traduire en binaire pour qu'elle les éxécute, mais l'élève ne code pas directement l'algorithme, souvent écrit à la main.

En ISN, les élèves apprennent à coder des algorithmes directement, sans devoir les créer avec un logiciel qui fait la traduction entre le langage humain et le langage de l'ordinateur, le binaire, dans un langage de programmation, le python (voir page Langages de programmation pour en savoir plus sur les langages de programmation utilisés en ISN). Des capacités dans ce domaine sont exigées lors de l'épreuve du bac en ISN. Il faut que l'élève soit capable de comprendre et d'expliquer ce que fait un algorithme, de modifier un algorithme pour obtenir un résultat voulu, de concevoir lui-même un algorithme et de le programmer et enfin de voir si l'algorithme est le plus efficace possible. Pour cela, les élèves apprennent des algorithmes simples, tels que chercher des éléments dans un tableau trié ou trier un tableau par sélection et ajouter des entiers exprimés en binaire. On pourra s'intéresser, de manière facultative à des algorithmes plus avancés, tels que pour le tri fusion ou la recherche d'un chemin dans un graphe par un parcours en largeur et en profondeur.